当需要对安全柜的任何被污染的部分进行日常维护、更换过滤器，以及性能测试等工作时，必须进行消毒处理。

认证试验和气体消毒进行前，所有内部工作面和暴露的外表面都应用适当的消毒剂进行消毒。

此外进行认证试验前，用生物安全级别 2级指定的药剂，以气态形式对整个安全柜消毒合乎要求。

当安全柜已使用过，推荐用生物安全级别 3级指定的试剂消毒。

有被生物因子污染潜在危险的安全柜移动位置时应先消毒。

另外，实验用试剂溢出和溅出后，被污染的表面应进行适当的消毒。

大部分需要气体消毒的情况下，后面所述的程序使用解聚的多聚甲醛作消毒剂。

用其他替代方法消毒前，必须给出每一型号和尺寸的安全柜的周期参数和这些参数的有效性；材料的相容性关系到备选去污剂的退化和被吸收情况，是维护安全柜完整性和消毒所需时间的关键因素。